在GN-001能天使高达以受损的修复形态（GN-001RE能天使高达修复型）与新生天人合流后，便将机体投入了天人的最新GN技术进行完全改造，将机体该造成了该型机——GN-001REⅡ 能天使高达修复型Ⅱ。

当拟太阳炉搭载机普及之后，即使是搭载原型GN太阳炉的机体也很难拥有压倒性优势，因此在对能天使高达进行改造时，将对格斗战特化的特性转为一击必杀的概念，修改时毫不吝惜地投入了最新高达的知识和技术，不但重新修改动力推进系统，将粒子供应管线改为内藏式，还在腰部和腿部追加了推进器。此外GN太阳炉本身追加了解除限制的机能，可短暂进入“过压增强模式”的高出力化状态。过压增强模式从最初就预备运用在能天使高达上，但因为缺乏稳定性而推迟导入该模式。

武装方面，能天使高达的七剑减少为三把，主武器以GN剑·改为主，以GN剑·改+过压增强模式为基础，比起总和战斗力，更重视一击必杀所需的攻击力。

GN剑·改与过去能天使高达装备的GN剑相比构造上并无不同，但使用了与GN-0000+GNR-01000强化组模的GN剑Ⅲ相同的技术，在当时是之前的高达未采用过的电热系武器。由于机体的粒子运用效率提升的缘故，威力也同步上升。剑刃部分是以GN电容器采用的物质改良而成的素材，与GN-0000／7S七剑型00高达的GN拳刃相似。在把GN粒子转换为高热的同时，还能把高热瞬间转移至接触物，切断效果比以前更为提升。此外此武器还保留了GN剑与GN光束步枪模式的切换。

而该机原本可以装备GN盾牌，但是由于装备其会使使用双手武器的格斗战受到影响，所以最终战时没有装备。

此外，该机亦可短时间内启动Trans-AM系统，但在实战中并未施展过。

A.D.2312年与准变革者的决战中，刹那·F·清英的00强化组模和利冯兹·阿尔马克的CB-0000G／C再生高达都遭到严重损毁，00强化组模两个GN太阳炉之一被夺。其后利冯兹将夺得的GN太阳炉安装在被遗弃的GN-0000高达实战配置型上，剩下一个GN太阳炉则被刹那安装在从CBS-74托勒密号Ⅱ紧急射出的能天使高达修复型Ⅱ上，两人以此进行最后一战。

最终刹那以GN太阳炉的出力限制解除所施放的突刺攻击击败了利冯兹的0高达，但能天使高达修复型Ⅱ仍然受到了严重的损坏，同时失去了两具GN太阳炉。

其后，天人对能天使高达修复型Ⅱ再次进行了修复，得到了GN-001REⅢ能天使高达修复型Ⅲ。以GN电容器驱动的能天使高达修复型Ⅲ被隐藏在地球上，提供刹那在地球上进行介入活动。