ザフトによって開発されたモビルスーツであり、換装によってあらゆる戦局への対応を目指したインパルスガンダムと異なり、最初からあらゆる状況に対応し得る「コンプリートMS」として開発されている。当初はインパルスの新たな装備としてフォースシルエット、ソードシルエット、ブラストシルエットの三装備を統合発展させた「デスティニーシルエット」の開発が行われたが、戦闘時のエネルギー消費量や、インパルス本体への負荷が大きいといった問題を抱えたことから、改めて本機が新規開発される運びとなった。デスティニーの開発はプラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルの指令によって開始され、彼から「最高の技術を全て盛り込む」ことが求められた。これは、核エンジンやミラージュコロイドといった、ユニウス条約によって禁止された各種技術を使用することを意味しており、機体にはこれらの技術を発展させた装備も用いられている。加えて、これら既存技術の発展転用だけでなく「MSによる戦闘運用の新たなる創造」とも言うべきデスティニー独自のシステムも多数採用された。

最新型の動力機関であるハイパーデュートリオンエンジンの搭載によって獲得した膨大な出力を多彩かつ強力な兵装群に用いており、外部装備なしでも恐るべき総合性能を持つ。さらに、インパルスに用意されていたフォースシルエット、ソードシルエット、ブラストシルエットの各武装を統合・高性能化して装備することに成功した。これにより、いかなる戦闘距離においても敵機を圧倒する最大の攻撃力と驚異的機動力を発揮する。

また、ソフト・ハード両面に対し通常をはるかに超える反応速度を見せ始めたシン・アスカ向けの調整が加えられたため、シンの潜在能力を余すことなく発揮。専属パイロットであるシンが搭乗した時にこそ真価が発揮されるMSとなった。

様々なガンダムタイプMSの特色をも加えられたデスティニーはザフト究極のMSとされる。その性能はストライクフリーダム、インフィニットジャスティスといった同時代の他勢力の機体と同等とされている。

ハイパーデュートリオンエンジンには原子炉が用いられているが、この事実を秘匿するため、型式番号は「A」ではなく代わりにセカンドステージシリーズを示す「S」が付与されている[1][5][注 9]。また、デスティニーは事実上「サードステージ」に位置付けられる機体であるものの、核を搭載するなどの公にできない特性からセカンドステージ相当として扱われたとする資料もみられる。型式番号にはコンセプトナンバーで欠番となっていた「4」を割り当てられている。