Vガンダムの量産後期に製造された機体で、頭部を換装した指揮官用の通信・索敵能力強化型。「ヘキサ」は型式番号の「06」に由来する。V字型アンテナを廃止し、側頭部排気ダクト脇に高性能アンテナを設置。額部には高性能複合センサーが備えられている。基本的には頭部のみの違いであり、そのほかはトップリム・ボトムリムともにVガンダムと同一の機体。月面生産型に限り、ノーマル機と区別するために足の甲の部分が青く塗装されている。当初は指揮官用の機体として運用計画が立てられていたが、Vガンダムの後期生産型はこのヘキサタイプに切り替えられたことから部隊単位での機種転換が行われた。

アニメ16話より登場。カイラスギリー戦を前に1機が投入され、オリファー・イノエ機として運用される。24話では追加投入されたVガンダムヘキサが登場、マーベットが乗り換えたのをはじめ、モトラッド艦隊追撃で地球へ降下する時にシュラク隊メンバーのコニー、ユカも乗り換えて地球浄化作戦の阻止に参加している。41話以降でリガ・ミリティアの地下工場で生産された機体が補充パイロットのフラニー、ミリエラとともに登場、フラニー機はメガ・ビーム・シールドを装備して出撃するものの、出力が安定せずオーバーロードを起こしている。その後はウッソのV2ガンダムのサポート役として活躍しベスパとの艦隊戦を経て全機が最終決戦まで生き残る。しかし、エンジェル・ハイロゥを巡る戦いでは激戦の末マーベット機を除いた全機がカテジナ・ルースの駆るゴトラタンに撃墜される。EDテーマ画面中では、1機のV字アンテナタイプに随伴する3機のヘキサタイプの姿が確認できる。