『UC』に登場。後述の明貴美加版（プロト・スタークジェガン）をもとに、カトキによって追加装備類が着脱可能な形状に整理され、特別な機体ではなく「選択式装備のひとつ」という意味合いが明確に打ち出されている。

D型に追加装備をほどこした強化仕様または特務仕様。「シャアの反乱」以降の連邦軍の軍縮の機運もあり、現場からの各種要求には新規MSの開発より優秀なジェガンの仕様変更によって対応する基本方針が採られたことによって生まれたバリエーション機のひとつ。

プロト・スタークジェガンの実戦データから、改良して単一の目的に特化させるのではなく、追加装備の換装をもってさまざまな戦局に対応できるよう、武装の見直しを含めた再設計がおこなわれる。各部増加装甲とスラスターの追加によって生じるD型との機体バランスの変化は徹底して調整され、一部パーツを排除してもOSにより[98]自動的に最善な推力調整がおこなわれるようになっている。専用のバックパックは推力増強だけでなく、上下に可動式のスタビライザーが伸びており、ミサイル発射時の反動を中和するほか、最大限に活かすことで高速機動が可能となっている。結果としてジェガンの性能を総体的に向上させることとなり、特殊任務の遂行が困難な状況下において、小隊長機として優先的に配備されることとなる。

劇中冒頭、ロンド・ベル隊第2群に所属する[83] クラップ級巡洋艦「キャロット」[99][83]から発艦したMS小隊の隊長機として登場。インダストリアル7へと向かうガランシェールを「臨検」（抵抗があった場合は撃沈を最優先する命令が下っている）しようと接近するも、迎え撃つ形で出撃したクシャトリヤとの戦闘に入る。僚機のジェガンD型がファンネルによって撃墜される中、各種武装を駆使してオールレンジ攻撃を潜り抜け、サーベルによる一騎討ちに持ち込む。数度切り結ぶ互角の戦いを見せるが、最後はクシャトリヤのスラスターを用いた目くらましによって生じた隙を突かれ、撃墜される。

本機のパイロットについて詳細な設定はないが、プラモデルの解説書には対サイコミュMS戦についての知識があるという言及がされているうえ、アクシズ・ショックを間近で見ていたことが示唆されている。

その後、ユニコーンガンダムを回収したネェル・アーガマを襲撃してきたシナンジュの迎撃に向かったMS隊の1機として、3連装ミサイル・ポッドおよび前腕部と腰部前面の追加装甲を装備しない機体が登場。パイロットはガロム・ゴルガ中尉で、コール・サインは「ジュリエット2」。腰部側面はD型と同仕様で、D型およびジム系のビーム・ライフルを1丁ずつ両手に携行するが、シナンジュになす術なく撃破される。なお、この仕様はゲーム版『機動戦士ガンダムUC』などのゲームでは「ジェガン（高機動仕様）」と呼ばれる。漫画『UC バンデシネ』でも同様であるが、ビーム・ライフルは2丁ともD型のもの。