宇宙世紀0087年12月6日の「プロスペロー号落下事件」発生の際、生存者の救出にあたったカラバの機体。型式番号の「-3」および「3号機」の名称は、あくまで機体の仕様（バージョン）を示すものであり、ベースとなった機体そのものは『マスターアーカイブ Ζガンダム』の第3ロット説、『マスターピースロールアウト Ζガンダム』の2号機に続く予備機説、『GジェネDS』ゲーム内解説での2機目説などがある。

この時点では制式にカラバに配備されていたものではなく、評価試験中の機体である。大気圏内用の主力TMSとして購入を検討中のカラバの注文に合わせ、数々の追加装備が用意されている。そのため、同一の機体でありながらも後述するホワイト・ゼータ、ストライク・ゼータのように時期によって形状やカラーリングの細部が異なる姿が確認されている。いずれも白を基調に一部グレーを配し、紫のラインが入ったパターンが印象的である。プロスペロー事件当時は高高度迎撃用のオプション・ブースターがテストされており、数度の作戦をこなしたあとは元のMSZ-006-1仕様に戻された。

カラバは少数の機体で多大な戦果をあげることを求めており、地球の如何なる戦線にも短時間で戦力を投入する「全地球NT戦力即応派遣構想」を提示し、そこで注目されたのが当時評価試験中の3号機だった。しかし出資者のAE社はより廉価なΖガンダム量産機を企図していた。「一年戦争時の英雄」とも評されるアウドムラ隊の有力パイロットの要望により3号機の受領は実現はしたものの、テストによって搭乗者にNT的素養が求められる程の複雑な操縦性が明らかになり、パイロットの編成が障害となって構想は自然消滅。最終的にカラバ首脳部は部隊配備が可能な「ゼータをベースとした量産機」の導入を判断した。

パイロットの「カラバ兵士」の声を古谷徹が担当。古谷自身はこのキャラクターを「アムロ・レイとして演じた」と明言している。本機が登場するゲーム作品では搭乗者をアムロ・レイとしている。

U.C.の正史ライン上で公式に確認された機体ではないとされるが、カラバのゼータ量産機の導入までのミッシングリンクとして一部資料では同一ライン上の設定に組み込まれている。

『GUNDAM EVOLVE../9』では、後述のホワイトゼータ、グレイゼータ、レッドゼータが登場。こちらのデザインは一式まさと。