MSZ-006-3 Z高达三号机是MSZ-006Z高达的第三款式，是Z高达的大气圈特化型号，以追求大气圈内主力可变机的综合性能为目标，实现多种装备与机能的搭载。

尽管Z高达拥有全领域作战的泛用性与WR形态下匹敌宇宙战机的傲人性能，但在大气圈由于自身设计的空气动力学效应，空气阻力与机翼的下反角还是超音速巡航下的喷气引擎所产生的震动对机体造成的金属疲劳，导致本机的WR形态下在大气圈内的性能远远不如空优战机。为此，AE的技师们吸取了Z高达一号机与其机师卡缪·维丹的反馈，试验性的搭载了通过程序抵消震动的驱动系统，调整双眼传感器，换装针对空气动力学优化的大气圈专用护盾，对脚部推进机构的配置进行调整等措施提升该机种在大气圈下的飞行性能。尽管本机飞行状态下的耗电量对比Z高达一号机提升了130%，但是从空气冷却机体的整体效率来看，确保了总体耗电量的减少。以上改进反馈到了Z高达的第三批次中便是Z高达三号机。

尽管本机的大体构造与武装均继承自Z高达一号机，但由于本机针对重力环境下应用，其大气圈内优秀的远距离进攻与高空战能力使其获得了卡拉巴的青睐，于是AE无偿把Z高达三号机提供给卡拉巴为期进行测试，其中据说由传奇机师阿姆罗·雷驾驶的Z高达三号机以白色为基调配以灰色与紫色条纹的样式，右肩上的A字标识来自MSZ-006A1Z Plus A1（阿姆罗·雷专用机）。U.C.0087年12月6日普洛斯彼罗号事件发生时，本机正在测试超高度迎击用助推器单元，通过弹道飞行成功追及正在降落的逃生舱。通过此次测试后的助推器单元能够提升机体续航距离，增大作战半径，为机体脱离大气层提供必要的推力，可使Z高达三号机以最小耗时到达地球圈的所有区域。之后本机也被改造为机动性提升的MSZ-006-3AZ高达·3A型与搭载大型飞行装甲“强袭组件”的MSZ-006-3Z高达“强袭Z”等不同款式并进行多次超高空拦截作战后，本机重新改造为一号机款式。

基于该机种的出色表现，卡拉巴成为了Z Plus系列的首要客户，并成功的为AE社带来了收益。除了上述提到由阿姆罗·雷驾驶的三号机外，本机作为开发母体还衍生出了MSZ-006-3BZ高达·3B型与MSZ-006-P2／3CZ高达·P2／3C型等款式存在。并且据说在U.C.0097年，反联邦组织EARM讨伐作战中投入使用的Z高达就是改装为一号机款式的Z高达三号机。

*本站发现，Z高达三号机设定出处有3个作品，第一次是2001年《机动战士新体验0087：绿色传动器》，编号为MSZ-006，第二次是2005年的《高达进化》第9集，设定于《机动战士Z高达》，作为电影《机动战士新体验0087：绿色传动器》的后记。故事讲述了格利普斯战争中，卡拉巴三位机师——红蛇（MSZ-006-P2/3C）、灰狼（MSZ-006-3B）、白独角兽（MSZ-006-3A）分别驾驶一架Z高达迎击。第三次则是2015年《Competition of NEW GUNDAM -RED or WHITE-》球幕电影，讲述本机作为对位机体采用的配色象征着阿姆罗的Z高达三号机初期验证型（MSZ-006-3），与不同于德尔塔的二号机（MSN-001-2）采用了象征夏亚的红色涂装的模拟对战。从设定的时间线上，是从初期验证型（MSZ-006-3），到普通型（MSZ-006-3），再到A型（MSZ-006-3A）。初期验证型只系数据模拟，并没有实际生产，普通型到A型是调整修改出来的提升版。

三次官方设定的阿姆罗配色三号机的涂装都有所区别。初期验证验最容易分辨，右肩甲上没有阿姆罗的独角兽标记，裙甲丁丁处是白色涂装。普通型丁丁处则是粉色涂装，背包机翼有深色的涂装，其余地方有黄色点缀。A型裙甲丁丁处是白色，包括背包机翼均是白色，整体而言只有白色与粉色两种颜色。后面增加的强袭型则是在A型的设定上修改盾牌装备。

从万代玩具和模型中看，阿姆罗的Z高达三号机中，初期型都有标记容易辨认。但普通型与A型难以分辨，几乎所有模型外盒包装都使用MSZ-006-3，没有使用MSZ-006-3A。但涂装方面各不相同，普通型和A型的特征都有，但大部分是参考了普通型的设定。可是介绍模型玩具的杂志某些会使用编号MSZ-006-3A作为背景介绍。

从游戏的角度也是一样，几乎所有阿姆罗Z高达三号机都是使用编号MSZ-006-3，大部分涂装是与普通型的设定接近，但使用A型的故事背景与另外两台Z高达三号机一起登场。

基于以上原因，由于无法确定普通型与A型的机体涂装区别，普通型和A型试作同一机体，直到有官方的明确A型编号的SD设定图出现.