F型の改修機。原典と同様にシャア・アズナブルが搭乗するが、R6キットの30ミリ肩部バルカン砲を装備している（S型の場合は型式番号に変更はない）。シャアの指示により各部スラスターのリミッターが解除されており、操縦性の悪化や機体損傷のリスクと引き換えに、機体の限界性能を引き出している。

スミス海での戦闘における功績により中尉に昇進したシャアが受領する。ルウム戦役では通常型のランドセルで3倍のスピードを出し、黒い三連星（漫画版ではコズン・グラハム准尉ら）を驚かせる。MS用対艦ライフル ASR-78とMS用バズーカA2型を携行し（漫画版では後者のみ）、5隻の戦艦を撃沈する。シャアが少佐に昇進し、「ファルメル」の艦載指揮官機となったあとは、機体各所に指揮官機を示すラインが記され、ファルメル隊のエンブレムとシャアのパーソナル・エンブレムが描かれる。

漫画版では「ガルマ編」の終盤以降は出番がないが（上記「ルウム編」を除く）、オデッサ作戦前夜にはジブラルタルにて、ガンダムと決着を着けるべく再登場。廃墟の中でジム2個小隊とスレッガー隊を壊滅させる。ガンダムをおびき出して決闘にのぞむが、シャアが友軍のド・ダイYSに気を取られた一瞬の隙を突かれて頭部を切断され、海に落下。シャアは機体を放棄して脱出する。このエピソードはのちに、スマートフォンゲームアプリ『機動戦士ガンダム U.C. ENGAGE』のイベント「0079ジブラルタル」で再現され、ガンダムとの戦闘シーンの一部はサンライズ制作でアニメ化された。この際の本機の脚部サブ・スラスターはJ型のように蓋がされており、マッドアングラー隊所属であるためファルメル隊のエンブレムはない。

なお、漫画版ではS型かどうかは不明だが、テキサス・コロニーでもシャアの機体と同じくブレード・アンテナと肩部バルカン砲を装備した機体が登場する。しかし、スレッガー・ロウらの搭乗するガンタンクに真っ先に撃破される。ほかにソロモン防衛戦でもブレード・アンテナ付きの機体が登場、ジャブロー攻略戦では三日月形のブレード・アンテナを装着した指揮官機も登場する。