MS-06S 夏亚专用型扎古II是在MS-06S指挥官用型扎古II的基础上，结合MS-05S夏亚专用型扎古I的数据而开发的一款专供夏亚·阿兹纳布尔使用的机体。作为指挥官专用机，该机的头部增加了角状天线，并且根据夏亚的指令，该机的限制器被解除，虽然拥有高风险，但是能够最大程度的发挥推进器效率，因此能够发挥一击脱离战术，并由于该机的红色涂装，使得夏亚获得了“赤色彗星”的称号。