かつて、新たな世界を治める神の核となるための戦い「バーサルウォー」が行われた。その優勝者となったグラディエータガンダムエクシアは、勇者ガンダムとなって聖なる試練へと挑んだ。しかし、戦いに敗れた益荒男マスターガンダムは暗黒の力に手を出し、暗黒卿スサノオマスターガンダムとなって勇者ガンダムの聖なる試練を妨害したのだった。