啓示騎士ガンダムエックスの導きによって石化を解かれたシャッフル騎士団。騎士シャイン、武闘家ドラゴン、闘士マックス、剣士ローズ、重戦士ボルトの5人は、今再び太陽騎士ゴッドガンダムとなり、創世軍オズワルドに最後の戦いを挑む。