碇真嗣，年龄14岁，是EVA初号机的驾驶员，第三适格者。幼年时亲眼目睹了母亲碇唯在试验事故中被"消灭"，其父碇源堂在失去妻子之后将其寄养在亲戚家中，不幸的童年经历致使了其内向而不自信、渴望得到他人（尤其是父亲）的认可的性格。突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。在14岁时被10年以来久无音讯的父亲碇源堂叫到第三新东京市，本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。

碇真嗣驾驶eva初代机大战第三使徒，童年经典动画

危急之下，特务机关NERV的成员葛城美里将真嗣救下，并将其带往碇源堂所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是父亲冷酷的命令：驾驶称为“EVA”的巨大人形生物兵器与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到父亲命令受重伤的零号机驾驶员绫波丽强行代之出战后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。

不断袭来的使徒，气息陌生又熟悉的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格雷，谜一样的美少年渚薰，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇源堂不动声色地观察一切，一个被他称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划逐渐浮出水面。