日野洋治とミツヒロ・バートランドがフェストゥムとの最終決戦に向けて共同開発した人類軍の最新型ファフナー、「ザルヴァートル・モデル」の一機。

「Sein（ザイン）」とはドイツ語で「存在」の意味で、「ここにいる」「実数」を示しており、同型機のマークニヒトと対をなす。当初のカラーリングは緑白色。TV版後半以降における主役機。

人類軍モルドヴァ基地にて日野洋治が主導となって建造した機体で「搭乗者と味方をより多く少しでも長く生かすこと」をコンセプトとしている。

人類軍の手に渡ったマークエルフのコアを移植することで完成し、人類の勝利を約束するものとしてプロパガンダに使われる。その直後のフェストゥムの総攻撃による混乱の最中に、洋治の意を受けたミョルニアによって真壁一騎に託された。この段階では背中に翼状の同化ケーブルとホーミングレーザー発振機を備えており、マークニヒトと同じフォルムであったが、フェストゥムの大群に同化された際、言葉によるフェストゥムとの対話を選んだ一騎の意思よって瞬時に再構築されて、背中のユニットは失われファフナーとフェストゥムが入り混じったような姿に変貌を遂げた。また、カラーリングも銀白色となっている。

ノートゥング・モデルが「違う自分になる」ことで操縦できるのに対し、マークザインは「違うモノになる」ことで操縦できる（ノートゥングが「変身」ならばマークザインは「変質」とでも言うべきか）。

その性能はノートゥング・モデルを遥かに凌駕する上に、再構築によって取り付いたフェストゥムを逆に同化したり、武器を機体に同化させて破壊力を劇的に向上させる等、超常的な力を有する機体となった。それと引き換えに搭乗者の同化現象の進行を著しく加速させる欠点があり、常に100％の性能を出せば竜宮島全域をカバーできる力を発揮できるが（単独戦闘）、それをすると一騎ですら体が保たないために後にリミッターが課せられる事となる。一騎の同化現象の進行もあって、劇中で本領を発揮できたのは竜宮島帰還時の戦いと蒼穹作戦のみと極僅かであった。上記の通り、その際も本領は発揮しても全力は発揮していない。「全力」のマークザインは、後の『EXODUS』（SRW未参戦）に至って初めて参戦することになる。

他にも、他者の同化現象を肩代わりすることができるようになるが、一騎の同化現象が悪化するリスクを孕んでいる。そのため、周囲は乗せることを忌避していた。

搭乗者が完全に同化されると自動でフェンリルが起動するようにセットされており、機体を欠片も残さないよう通常の三倍の威力のフェンリルが組み込まれている。

前述のように、「搭乗者と味方をより多く少しでも長く生かすこと」を念頭に開発したのだが、再構築後では「すさまじい能力を代償に搭乗者を少しでも長く生かすどころが、同化＝死を早めてしまう」という、設計者の望みとは真逆な結果となってしまう（これはニヒトにも同じことが言える）。但し、「他者の同化現象を搭乗者が肩代わりをすることで味方をより多く少しでも長く生かす事を可能」にした（無論、搭乗者の死を早める事に変わりはないが）。