宇宙世紀0092年12月、新生ネオ・ジオンの総帥シャア・アズナブル（小説ではシャア・ダイクンとも名乗っている）として再び姿を現し、幾度にも渡る戦争を経験しながら、旧態依然としてスペースノイドに弾圧を続ける地球人類の粛正を決意する。ジオン・ダイクンの遺児にして旧ジオンのエース「赤い彗星」でもあった名声を利用し、旧ネオ・ジオン軍の残党や、ナナイ・ミゲル、ギュネイ・ガス等の優秀な士官を糾合、小規模であるが精鋭ともいえる戦力を保持する。そして、しばらく戦火から遠ざかっていた連邦政府に対し、自らの艦艇をもって地球圏にスウィート・ウォーターの占拠を宣言する。

同年3月、艦隊を率いてスウィート・ウォーターを出発。アムロ・レイやブライト・ノアが所属する連邦軍・外郭新興部隊「ロンド・ベル」の抵抗に遭うものの、自らモビルスーツ・サザビーで出撃し、小惑星5thルナを連邦軍本部所在地であるチベットのラサに落下させることに成功する。

その後、サイド1のロンデニオンにて連邦軍高官アデナウアー・パラヤと、武装解除を条件に小惑星アクシズを譲り受けるという偽の和平交渉を行うと、直ちにルナツーを強襲し配備されていた核兵器を奪取。そして、地球に核の冬をもたらすべく、地球へのアクシズ落としを決行する。アクシズを守るため、自分を慕うクェス・パラヤも戦わせるなどロンド・ベルと必死の激戦を繰り広げる。

宇宙世紀0093年2月末、テレビのインタビューで連邦政府に事実上の宣戦布告をする。

宇宙世紀0093年3月12日、νガンダムを駆るアムロと最後の決着をつけるべくサザビーで戦うが敗れる。その際、脱出ポッドを捕まえられ、アクシズの落下を抑えるアムロと共にサイコフレームの光の中に消えていく。そしてアクシズは軌道を変え、作戦は失敗に終わる。その後の二人の行方は一切不明とされている。

朗読イベント『赤の肖像 ～シャア、そしてフロンタルへ～』では、「一年戦争からのシャアの人生を振り返っている。アムロと共にアクシズを押し出すほどのサイコフレームの光に包まれたシャアは、ララァを初めとした女達の温もりを思い出す。光の中でシャアは無垢な心を発露させ、自分自身の怒りや絶望でさえもこの光の一部となっているのだと感じ、自らも「愚民」と唾棄したその一人であったのだと我が身を振り返る。そしてアムロの声が遠くなっていく中、妹のアルテイシアに別れを告げ、意識を霧散させていく。」と語られている。