宇宙世紀0097年を舞台とする劇場アニメ『機動戦士ガンダムNT』に登場。機体名称の読みは「セカンド ネオ・ジオング」。スペックの数値は、重量およびセンサー有効半径を除きネオ・ジオングと変わらない[74]。

「袖付き」の首魁フル・フロンタルが設計し、地球連邦に接収されていた試作機で、ルオ商会のミシェル・ルオとジオン共和国のモナハン・バハロの裏取引により、ジオン共和国へと横流しされた[29]。機体はネオ・ジオングの予備パーツより組み上げられている。本作では小説『不死鳥狩り』での描写を踏まえ、コア・ユニットはサイコミュ搭載機であれば必ずしもシナンジュである必要はないと設定されており[43][注釈 8]、劇中ではジオン共和国軍のゾルタン・アッカネン大尉が搭乗するシナンジュ・スタインのほか、『NT』の主人公であるヨナ・バシュタが搭乗するナラティブガンダムをコア・ユニットとして合体する場面もある。ウェポンベイの前面ハッチはオミットされ、新たに赤い塗装の施されたフレームが肩部ウェポンベイ正面に追加されている。また、マニピュレーターのみに組み込まれていた有線式誘導機能が腕部にも追加されている[76]。

大森倖三による『NT』の漫画版劇中におけるゾルタンの主張によれば、IIネオ・ジオングはネオ・ジオングの不完全なコピーではなく「本当の姿」とされる[77]。

武装・装備は基本的にネオ・ジオングと同一であるが、劇中では両腕部の各5本の指先（ファンネル・ビット）から長大なビーム刃を発生させており、小説版によれば「新たな装備」であるビーム・ソードとされる[78]。

『NT』の監督である吉沢俊一によれば、肩部にアクセントとして追加された赤い塗装は、歌舞伎の隈取や、生物的な血管をイメージした装飾とされる[79]。また『UC』のネオ・ジオングが「不動の山」というイメージで描かれ[79]、どっしりと居座って動かない演出がされていたのに対し、IIネオ・ジオングは『機動戦士ガンダム』でのジオングの活躍を踏襲し、大胆に飛び回り暴れ回るという方向性で演出したと述べている[79]。