NZ-999Ⅱ 新吉翁号二号机是带袖的为弗尔·弗朗特开发的NZ-999新吉翁号的二号机，使用新吉翁号的备用部件组装而成，其性能与一号机完全相同，其性能匹敌于丽塔同化后的RX-0独角兽高达3号机·菲尼克斯。只是在涂装上没有采用红色涂装，而是采用了灰色涂装。

U.C.0096年拉普拉斯之乱结束后，新吉翁号二号机被地球联邦军捕获，随即被引渡回吉翁共和国。U.C.0097年，吉翁共和国外务大臣莫纳汉·巴哈罗为了捕捉RX-0独角兽高达3号机·菲尼克斯，而将该机交付给契贝级巡洋舰金鬃马号。但是菲尼克斯此次前往地球圈的目的正是受到高次元存在“既知”的召唤前去消灭这个走错一步便会让次元本身崩坏的产物。在SIDE 6学园都市墨提斯的战斗中，佐尔坦·亚卡年擅自驾驶MSN-06S-2新安洲·原石二号机召唤新吉翁号二号机，结果却遭到RX-9／BNT高达B装备的精神感应劫持，短暂遭到NT高达的控制。

之后由于佐尔坦·亚卡年不甘心自己被当作弃子而驾驶新安洲·原石二号机操控该机在氦-3储藏基地与地球联邦军交战，通过精神感应碎片的空想具现化使得佐尔坦能够修改物理法则，将氦-3储存罐内的氦-3引发核聚变转变为随时引爆的核弹头，直接摧毁了联邦军引以为傲的雷比尔将军号，同时机体也借助精神感应碎片使得机体在众多氦3核聚变引发的大规模核爆炸中毫发无损，甚至一度抓捕到菲尼克斯。最终本机被三位一体启动毁灭模式的菲尼克斯击破，而核心机原石二号机脱出后依靠残骸残存的精神力场在近身战中力抗菲尼克斯，甚至能够通过精神碎片发生器的暴走使得残骸本身依然能释放出极为恐怖的精神力场，并在新安洲·原石周围形成小型化光之结晶体圆环。佐尔坦依靠本机残骸残存的精神力场放大其恶念，使得氦-3储存基地全体引发临界核聚变，但最终连同其残骸被菲尼克斯一起处理。可以说两台新吉翁号的消失是对这个世界的一种救赎。