RX-0 独角兽高达3号机·菲尼克斯是由地球联邦军内部鹰派为主导的、于阿纳海姆电子公司外独立制造的第三台搭载NT-D系统的高达型MS。

菲尼克斯由于开工晚于一号机和二号机，省去了开发早期的工业设计定型。作为三号机，在骨架上该机完全承袭了一号机的原始数据，但由于该机是地球联邦独立制造的，因此该机从很大程度上，只能说是阿纳海姆制的两台独角兽高达的仿制机，NT-D系统的不稳定性似乎更为严重，因此除了变形座椅和对机师注射DDS抗G力药剂外，更装上了拘束器，拘束器并不能由三号机机师自行解除，必须由外界指挥授权或遥控。

武装方面，除了沿袭了一号机的武装外，左右背部还搭载了名为“武装装甲DE”的护盾（剧场版《机动战士高达NT》中武装装甲DE尾部还加装了平衡翼用于姿态控制），可在防御光束攻击同时，兼顾攻击和AMBAC的功效。

U.C.0095年12月3日，联邦鹰派用菲尼克斯在暗礁区域和RX-0独角兽高达2号机·报丧女妖进行对抗试验。并在对抗试验中分别击落带袖的两台AMS-129基拉·祖鲁，但在与AMX-107R再生龙飞的战斗中，急功近利的联邦军参谋强行解除拘束器，最终导致三号机和二号机纷纷暴走互相攻击，最终导致二号机胸部损坏，机师死亡；三号机摧毁母舰后下落不明。

U.C.0097年菲尼克斯再次出现在地球圈，此时的该机可以以接近光速的速度移动，并且释放的精神波可以将MS的机械结构分解。在其回归后，地球联邦和吉翁共和国都尝试捕获该机。在联邦的“狩猎不死鸟”行动中，乔纳·巴修塔驾驶RX-9／A神话高达A装备与菲尼克斯作战，但由于乔纳执着于找到莉塔导致该机逃脱。之后在Side6墨提斯殖民卫星该机再次出现，协助乔纳击败MSN-06S-2新安洲·原石二号机，安抚了因NT-D系统失控挟制NZ-999Ⅱ新吉翁号二号机的乔纳后再度离去。在氦-3储存基地与佐尔坦·亚卡年的最终决战中乔纳进入了菲尼克斯的驾驶舱并启动了NT-D系统，菲尼克斯转变为毁灭模式迅速击败了新吉翁号二号机。然而，由于佐尔坦死亡时释放了精神力，导致附近所有的氦-3储罐都达到了临界值。此时菲尼克斯吸收了米歇尔·卢欧和布里克·泰克诺先前散布的精神感应框架的碎片，武装装甲DE化作一对巨大的绿色光翼阻止了爆炸并带走了新安洲·原石二号机和新吉翁号二号机。之后，在巴纳吉·林克斯将乔纳带回后，菲尼克斯再度离开，前往未知的远方。

在武装上，光束马格南枪是独角兽高达的主武器，使用称为“马格南弹”的特制E-Pack弹夹，每组5个相连，拥有普通光束步枪4倍的威力。该武器具备轻易贯穿与20米级别的MS大小相近的大型空间碎片的破坏力，即使被擦过也会受到致命的伤害，对机动堡垒等大型目标十分有效。然而，包括备用的E-Pack在内最多只能携带15发的弹量，尽管威力巨大，但实际使用时常常会引发残弹不足的状况。

其他远距离兵装还有新型实体弹火箭炮，可以使用发射后一定时间炸裂、依靠碎片杀伤的特殊弹头，炮身装有可搭载选用装备的抓勾，可以搭载同为阿纳海姆规格的榴弹发射器或飞弹舱。另外，由于均是阿纳海姆产的缘故，原本作为NZ-666刹帝利的专用武器而生产的光束加特林机枪也能够使用。

近战武器方面共计装备了4柄新型的光束剑（背部和双腕各两柄），两腕部的光束剑可以手持使用，也可于收纳支架处直接展开作为光束拐使用。另外，背部的2柄光束剑也可以收纳于腕部支架的另一端并同时使用。其他武器还有联邦的传统兵器头部火神炮（小说版没有），射击时，5发子弹中有1发为曳光弹，连射时可以据此进行射线修正。

其外，该机的专用盾牌在NT-D模式下也可以予以展开，露出4枚花瓣状的精神感应材质和位于中心的I力场发生装置，为机体提供圆形I力场进行防御。而经由精神感应骨架所产生的物理能量，在不搭载推进器的情况下也可以实现浮游炮一般的远距离诱导操作。