Z高达在0087年7月下线，率先制造了几台被称为“Mk-1A”的验证机供AE在月面与月球轨道进行测试，基于这些测试的结果进行的反馈，UC0087年11月，改进后的Z高达交付给奥古的亚伽玛级巡洋舰的舰载MS部队，由奥古的王牌机师卡缪·维丹驾驶，后来又在机体上搭载了生物传感器，能感应出驾驶员的脑电波，辅助机体的控制，增加机体的机动力，按照传言，也能形成物理性的精神力场，增强光束武器的功率，甚至能够引发类似赛克缪劫持，使得敌机无法行动的埃尔德里奇现象，令作为NT的机师发挥出更大的实战功效。

卡缪驾驶该机在格利普斯战争中立下了赫赫战功，而且在最终决战中击破了泰坦斯由帕普迪马斯·西洛克上尉驾驶的PMX-003铁奥，为格利普斯战争打下了终止符。

但是卡缪·维丹却因此受到帕普迪马斯·西洛克NT能力的影响而失去了心智。也正是为了替卡缪治疗，Z高达所属的阿伽玛号战舰前往了第一殖民卫星香格里拉，在那里遇到了回收宇宙垃圾的NT少年捷多·亚西塔和他的伙伴们。最初原本打算夺取Z高达来卖钱的捷多最终却成为了Z高达的预备机师而加入了亚迦玛号，参与到第一次新吉翁战争中来。

而在捷多得到MSZ-010ZZ高达后，Z高达便交给了奥古的少女机师露·卢卡驾驶，而在某次遭遇战中由于头部被击毁而替换上了临时用来应急的MS-06F扎古Ⅱ的头部，由伊诺·阿帕夫临时驾驶援护捷多，该形态被称为“Z扎古”。

U.C.00089年初，Core-3海面会战末期，拟·阿伽马方为围剿葛雷米派，高达小队实施突入作战。在与NZ-000昆曼沙对峙阶段，露驾驶的Z高达遭受重创，在最后时刻由于璞露兹的离开，Z高达将昆曼莎连同葛雷米·托托一同击毁，Z高达则随着阿古西斯的爆炸而彻底被摧毁，露则搭乘ZZ高达成功逃出。

有传言说该机被联邦高层回收，理据为预防NewType的叛乱，而本机的生物传感器于UC.0090年搭载于FA-78-2重高达二号机上。同样，其他高达系机体也会在战后失踪，因此其被隐藏起来的可能性很大。