1954年に出現した初代ゴジラに続き、日本にたびたび上陸しているゴジラ。口からオレンジ色の放射熱線を吐く。このときにエネルギーが喉元に現れて背びれにもまとい、熱線と同色に発光して熱線を一気に吐き、絡みついたケーブルを焼き切るほどの熱量を放つ。細胞内に強力な超再生を促進する治癒能力を持つオルガナイザーG1という個体形成能力と復元力を併せ持った特殊な形成体が潜んでおり、5時間もあれば細胞の損傷は完治する。

頭部が小さくなったことで口のサイズが強調されており、口は非常に大きく、歯は大きなものが所々に混じっている。首の両サイドにはトゲのあるヒダが広がっている。手足のツメはこれまでよりも鋭く湾曲している。体表のモールドも大粒で荒々しくなり、トゲ状のものがところどころに混じる。ナイフのように鋭い背ビレが特徴。尻尾は丸みがない尖った先端になっている。

劇中では根室沖の海洋異状を調査していたゴジラ予知ネットワークによって確認された後、根室市街に上陸して暴れ回り、発電所など都市部を壊滅させて太平洋へ消える。次は本州に沿うように太平洋を南下して茨城県東海村に上陸し、核エネルギーを狙って東海発電所を襲おうとするが、岩塊に隠れたUFOの光線に倒れて海へ消える。その後は東京に上陸し、自らのオルガナイザーG1を吸収して暴走した宇宙人=オルガと交戦する。放射熱線を何度撃ち込まれてもそのたびに再生しては噛みついてエネルギーを奪うかたちで徐々にゴジラ化を進めるオルガに苦戦するが、貪欲なまでのゴジラ化への渇望を逆手に取り、わざと飲み込まれての体内放射で爆殺して完勝する。最後は権力と武力を濫用してゴジラの抹殺に執念を燃やす片桐光男をビルごと撃破して殺害し、悠々と新宿を火の海にしていく場面で本編は終了する。

なぜゴジラが日本を襲うのかという問いについて、本作品の主人公である篠田雄二は、「人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのか」と推測する。また、劇中で陸自の第1師団長である高田が「これまでの経験からG（=ゴジラ）は攻撃されると必ずその相手に向かってくる」と発言し、実際にゴジラが劇中後半で東京に襲来するのは、東海村にて攻撃してきたUFO（および自衛隊を指揮した片桐）への報復を果たすためである。