29歳。地球連邦軍大尉。アムロとて一部のエリートが地球から宇宙のスペースノイドを支配・管理している独善を決してよしとしているわけではなかったが、彼には内部改革の夢があり人類の叡智も信じてもいた。それが、アムロを地球連邦軍に留まらせている理由だった。ときに宇宙世紀0093年、アムロはロンド・ベルのMS隊隊長として、リ・ガズィやνガンダムを駆り、ブライトらと共に、シャア率いるネオ・ジオンとの最後の戦いを挑む。

第二次ネオ・ジオン抗争が勃発した宇宙世紀0093年3月4日、地球連邦軍本部があるチベットのラサに向け小惑星5thルナの落下を目論むネオ・ジオンを阻止するためにリ・ガズィに搭乗して戦闘に参加。ヤクト・ドーガを駆るギュネイ・ガスを退けるのには成功したものの、サザビーで出撃してきたシャアには圧倒された上に、落下阻止限界点を越えてしまい、5thルナを巡る攻防は惨敗に終わる。その後、いまだフォン・ブラウン市の工場で開発中であったνガンダムを半ば強引に受領し、シャアとの決戦に備える。

その後、サイド1のロンデニオンでハサウェイ・ノア、クェスと共にドライブをしている時に、乗馬していたシャアと遭遇。シャアに掴みかかり取っ組み合いになった後、銃で狙撃しようとするも、クェスに邪魔をされギュネイがホビー・ハイザックで救援に来たために逃げられる。

アクシズ落としを目論むシャアの動きを看破したアムロたちロンド・ベル隊は、アクシズへ急行する。宇宙世紀0093年3月12日、アクシズの防衛ラインを単機で突破し、シャアとの決戦では、サザビーとのMS戦だけではなく生身での白兵戦や舌戦も交えた激戦を繰り広げ、再びMSに搭乗して全ての武装を使い果たした後もガンダムの格闘攻撃でサザビーを圧倒し、これによってサザビーからシャアの乗る脱出ポッドが放出される。その時、ブライトたちが行った落下阻止のためのアクシズ分断作戦が裏目に出て、片割れがそのまま地球への落下を開始する。アムロはシャアを逃がすまいと脱出ポッドを捕まえるが、シャアにブライトたちが行った作戦のおかげでアクシズ落下という目的を果たせると、高々と勝利宣告をされる。

これに怒ったアムロは、地球へ落下していくアクシズの片割れを、シャアの脱出ポッドを保持したまま単機で「たかが石ころ一つ、ガンダムで押し返してやる。νガンダム（の能力）は伊達じゃない」と抵抗する。