1992年に北海道の網走にてゴジラに敗れて以来、212年間も仮死状態でオホーツク海沖の低温海域に沈んでいたキングギドラを、2204年に地球連邦機関が回収して23世紀の科学力で改造する手術を施して強化再生したサイボーグ怪獣。

失われた中央の首のほか、胴体や翼と尾の先端、膝から脛など各部が機械化されている。左右の首からは改造前と同じ黄色い引力光線、中央のメカヘッドの上顎からは引力光線以上の威力を持つ赤と青が絡み合うレーザー光線を発射できるほか、腹部にはゴジラ捕獲用兵器としてボディーに4か所あるハッチからワイヤー、ボディー中央部から伸長するマシンハンドを装備している。マシンハンドは、捕獲したゴジラに高圧電流を浴びせることができる。中央のメカヘッドの付け根に小型タイムマシン「KIDS」を改造したコックピット兼緊急脱出装置があり、エミー・カノーが搭乗する。

3つのロックオンサイトで光線の照射を操作し、コックピット内に追加されたタッチパネルで3つの長い首の神経に命令を伝達し、巻きつきや噛みつきといった動作を行わせることができる。その巨体ゆえに敏捷な起動は難しく、2枚の翼は機械製になっているため、空気を捕らえて浮力を得ることも難しい。そのため、飛行はホバリングが主になっている（能力は高く、破れた状態でもゴジラを懸架したまま飛行する）。この能力を利用し、転倒状態から一瞬で起き上がることが可能である。KIDSと合体しているため、単独でのタイムワープが可能。コ・パイとしてアンドロイドM11のAIが搭載されており、これによって制御され、KIDSパイロットによって操縦される。

1992年に新宿の東京都庁舎付近にて暴れるゴジラの前に出現。ゴジラを都庁舎の下敷きにするものの反撃されて翼を損傷して墜落し、一時はエミーが気絶するなど苦戦するが、ゴジラを腹部中央部のマシンハンドで拘束する。どこかへ運び去ろうとするが、戦闘によるダメージが蓄積していたうえ、なおも暴れるゴジラから至近距離で放射熱線を浴びせられた結果、海に墜落してともに小笠原海溝へ沈む。エミーはKIDSで脱出し、23世紀へ帰還する。

その首の残骸は、次々作『ゴジラvsメカゴジラ』（1993年）でG対策センターによって海底から引き上げられ、その技術を解析した結果、対G超兵器のメカゴジラが完成する。同作品の冒頭では、メカキングギドラの中央のメカ首がG対策センターに保管されているシーンがある。

なお、劇中では未呼称で、名前が呼ばれるのは『vsメカゴジラ』の冒頭ナレーションでのみ。