リトルゴジラが、バース島に含まれる高純度の天然ウランが熱水の影響で起こした自然爆発による核分裂反応により、急激にゴジラの要素が強くなりはじめ、ゴジラと同様の怪獣化が進んだ姿。まだ小さいため、「ゴジラジュニア」もしくは「ジュニア」と呼ばれる。命名者はGフォース司令官の麻生孝昭。

ゴジラとの外見上の相違は、まだ成長過程にあって全体的にサイズが小さいこと、皮膚がリトルの名残をもつ緑色で腹部が明るいこと、未発達の背びれがゴジラに近い小さめであまり目立たないことなど。歯列はゴジラのように2列になり、顔つきこそゴジラに似て精悍になったものの、全体のフォルムはむしろゴジラザウルスに近いが、大型化している。細かい横のシワが腹部にあり、足首もゴジラよりずっと細くなっており、踵も上がっている。しかし、ゴジラとほぼ同威力の放射熱線を吐けるようになっており、身体能力はゴジラ化している。本作品では眼球が赤く光ることはない。

御前崎で生存が確認され、帰巣本能によりクジラを捕食しながらアドノア島へ帰ろうとしている中、ゴジラがジュニアを追ってアドノア島へ向かっていることが判明し、デストロイアと戦わせるためにゴジラをおびき寄せる囮として三枝未希と小沢芽留のテレパシーにより東京へ誘導され、遭遇したデストロイアと天王洲で戦う。

当初はデストロイアの攻撃に圧倒され、格闘戦では戦闘に不慣れな様子を見せて歯が立たず、第2の口を喉に突き刺されたことで体内にミクロオキシゲンを注入されて口から泡を吹くなど苦戦するが、隙をついてゴジラ同様の熱線を放って反撃し、左右の突起を吹き飛ばすなどの善戦を見せ、集合体・飛行体を一度は倒すことに成功する。この戦闘では、未希が乗ったヘリコプターにデストロイアの飛翔体が襲いかかろうとしたとき、彼女の悲鳴に反応して熱線でデストロイアを攻撃する場面も見られることや、ゴジラと違って人類を襲わず建造物の故意的破壊を行っていないことから、人類との親和性はまだ高い状態にあると思われる。

その後、ジュニアを追ってきたゴジラと羽田空港で再会するが、完全体となって飛来したデストロイアに連れ去られ、有明の上空から投げ落とされて地面に激突し、さらにオキシジェンデストロイヤー・レイによる追撃を浴びせられて致命的なダメージを負う。

駆け付けた未希たちの前で目を閉じて力尽き、その後に駆け付けたゴジラが自らのエネルギーを分け与えても既に手遅れでほとんど反応せず再び目を閉じて死亡したかに思われたが、ゴジラのメルトダウンによって大量に放出された高濃度の放射能を吸収して蘇生し、完全なゴジラへ急成長を遂げた。ラストは、ゴジラの死を覆い隠す霧の中から完全なゴジラとなったジュニアが姿を現して咆哮し、「ゴジラを襲名する新たな『始まり』」のシーンで、平成VSシリーズは終幕となる。