199X年、地球上の各地で大量の昆虫が異常発生する現象が頻発した。その調査でジャングルを訪れた甲斐拓也は、洞窟の中で昆虫界の長老グルと出会い、それが侵略者襲来の前兆であることを聞かされた。拓也からそのことを聞いた向井博士は侵略者の存在を政府や国連に訴えるが全く相手にされず、仕方なく自分たちだけでも戦うことを決める。

やがて老師の予言通り、異次元から侵略者組織ジャマールが現れた。昆虫たちは必死にジャマールに挑むが、その圧倒的な戦力の前に次々と倒されていった。

一方、精魂込めて開発していたアーマーがなかなか起動せず、苛立ちを募らせていた拓也と博士の元に老師が現れ、アーマーに昆虫の精を融合させインセクトアーマーを完成させる。拓也と、勇敢にもジャマールに反抗した2人の若者・片霧大作と羽山麗がその適合者に選ばれ、人間の最先端科学と昆虫の未知の力を併せ持った3人の昆虫戦士ビーファイターが誕生、異次元軍団ジャマールに挑戦状を叩き付けた。

地球科学研究所アースアカデミアの最新科学と昆虫族の未知の力との融合で生まれた戦士たち。

彼らが属するアースアカデミアは日本支部長である向井健三曰く「自然破壊。動植物の絶滅の危機。飢餓。貧困。犯罪。戦争」それらを解決するために組織され、日本支部以外では南米支部が確認されている。