1966年、地球に改造実験帝国メス配下のエイリアンハンターが襲来した際に、改造実験の生命体サンプルとして誘拐された子供たちの中の五人がフラッシュ星人によって救われ、フラッシュ星で保護・成長した若者たち。異星人の養父母の元で育てられた彼らは、20年後の1986年、地球にメスの魔の手が迫っていることを知り、三機のマシンとスペースシップを奪い地球へ帰還、超新星フラッシュマンとなって改造実験帝国メスの野望に立ち向かう。

5人は各自が育った星より転送される強化服プリズムスーツをまとって変身する。厳しい自然環境で育ったため、どんな小さな物音でも感知できたり、目隠しをしながらでも戦えるほど感覚が鋭い。

当初、5人はフラッシュ星の衣裳をまとっていたが、20話から地球の衣服を着用するようになる。