アニメ『機動戦士ガンダム』に登場する「シャア専用ザク」に、『センチュリー』で設定が付与されたもの。型式番号は同書発行の直前に公開された劇場版第1作のパンフで "MS-06(S)" または "MS-06s" と表記されたのが初出である。「シャア専用ザク (II)」「ザクII（シャア・アズナブル専用機）」のほかに名称は、「指揮官用ザク」「指揮官型ザクII」があり、単に「ザクII」とも呼ばれる。ただし、本機に限らずF型やF2型、FZ型などにブレード・アンテナを装備した機体も「指揮官機」とされるため、本項では括弧書きで型式番号に由来する「S型」を付与して区別する。

中隊長クラスの優秀なパイロットの要請に応じて開発されたタイプ。当初はC型を発展させた高機動型（R型）を開発・生産する予定であったが、開戦前の時点では改良箇所が多く生産効率が悪いため見送られ、替わって開発される。「R型の設計思想にもとづいた機体をF型の設備で生産する」という、先行試作型とも呼べる機体であり、機動性向上のための技術開発の実戦投入試験機としての側面をもつ。

F型をベースに（C型説もあり）推進エンジンの出力を30パーセントアップし、機体の構造材に特殊材料を用いた高性能タイプ。外観上はF型とほとんど替わっていないように見受けられるが、内装部品は特殊なものが多く、機体性能は2割ほど向上している。ただし、基本的に各部のユニット規格を維持したままでの高性能化であり、部品単位で歩留まりのよいものが厳選されているものの、F型との部品共有率は80パーセントとも90パーセントともいわれ、代用が可能となっている。また、装甲材の組成や構造も改善されている。高性能であるものの非常に扱いにくい機体となっており、初心者が搭乗した場合はまともな作戦行動すらできなかっただろうとされる。機動性は向上するものの稼働時間はF型より短いといわれるが、これは数値上の誤解であり、戦闘時のスラスターの使用頻度を上げないことで各自によって戦闘時間は拡大されており、本機を乗機とするパイロットからは高評価を得ている。また、ノンオプションで大気圏内外の環境に対応可能であり、高級機としての側面ももっている。

おもにグラナダの実験場においてテストがおこなわれるが、その内容には対MS戦を視野に入れた模擬戦闘も含まれている。2週間のトライアルののち、いくつかの工廠の使用許可を取り付け、各部品のチューンナップおよび改装を開始。生産ラインから抜き出したフレームに実装され、実証テストが繰り返されている。A型から少し遅れて生産が開始されるが、数機生産された俗に「初期タイプ」と呼ばれる機体は、脚部のシルエットはそのままに、ユニット側面にサブ・スラスターを増設した仕様となっている。