OVA『機動戦士ガンダム0080 ポケットの中の戦争』およびアニメ版『機動戦士ガンダムUC』に登場。メカニックデザインは出渕裕。設定画には「MS-06/F《ザク》」の名称が記されており、『0080』の制作発表直後の雑誌では「MS-06F ザク」と紹介され、出渕も当時のインタビューで「リファイン」であると述べている。これは書籍『ENTERTANMENT BIBLE』シリーズでも踏襲されており、リック・ドムIIやゲルググJと異なり名称や型式番号が変更されていないのは、生産数が多くすべて改修機として扱われたためと解説されている。プラモデル発売以降は別の機体と設定されたが、『アウターガンダム』をはじめとする同時期の『サイバーコミックス』などに掲載された漫画では、本機のデザインを通常のザクIIのリファインとして描くことが流行し、『0080』のリリース終了後に同作品のスタッフによって制作された書籍『MS ERA 0001〜0080 ガンダム戦場写真集』でも同様の手法がとられている。出渕は『0080』のMSのデザインの中でも、ザクは完成されているためアレンジが難しかったと述べており、後年にはこのデザインはさすがにやりすぎだったと述べている。なお、プラモデル発売以降の名称は「ザク改」あるいは「ザクII最終生産型」とされていたが、模型雑誌『ホビージャパン』で「ザクII改」とされ、以降はほぼこれに統一されている。

なお、頭部のバリエーションとして「Bタイプ」と呼ばれるフリッツヘルムをかぶったような外観のものもある。これは、現地での修理あるいは改造の際に、パイロットなどの要請を受け入れ、頭部に増加装甲をほどこしたものである。

『0080』第1話では、Bタイプを含む数機がリック・ドムIIとともにサイド6のコロニー「リボー」内部に侵入し、連邦軍のジム・コマンド部隊と交戦する。バーナード・ワイズマン（バーニィ）伍長が搭乗する機体は被弾して森林公園に不時着し、バーニィは間近でMSを見るためにやってきたアルフレッド・イズルハと出会う。第2話では、駆け付けたブレード・アンテナ装備の機体がバーニィを回収し、彼の機体はそのまま放置される。同話終盤では、バーニィがサイクロプス隊の一員として特務艦（偽装貨物船）でふたたびリボーに潜入する際の陽動としてチベ級ティベ型重巡洋艦やムサイ級軽巡洋艦から数機発進し、ゲルググJらとともにジム・コマンド宇宙戦仕様と交戦する。