MS-06E-3 扎古鱼鳍型是在MS-06E强行侦察型扎古Ⅱ的基础上衍生而来的侦察用MS。

E型强行侦察型扎古Ⅱ共计生产了100架左右，其中有约16架做了进一步改造，将头部的摄像机改为三合一设计的复合式探测器，集合了高科技感官设备和声纳设备，并且这种设备采用了特殊的旋转轴，可以快速向后翻转探测身后范围，而不必旋转头部。

机体背部也装备了新开发的复合探知设备，复合探知设备外形如鳍，具有定向激光和声波传感器，侦察能力大大上升。射出前，复合探知设备的机翼向上、向后折起；射出后，到达作战区域时增速用火箭点火，机翼打开，以高速侵入目的地，获取情报。也正是因为这套鳍状设备，令该机获得了“Flipper”之名。

此外，该机还安装了MS-06S指挥官用型扎古Ⅱ的推进背包，以及两个额外的胸部推进器和更大容量的储罐，令该机的性能更优、使用时间更长。武装方面则可以使用扎古的标准武装。

此机种主要从属于外洋舰队的特殊侦察小队，从事对联邦军设施的侦察任务。一年战争结束后，该型机和E型机一样，被联邦军接收。