次世代MSの試案として、エゥーゴがティターンズから強奪したガンダムMk-IIを、アナハイム・エレクトロニクス社のフジタ博士が研究した結果、開発された機体である。型式番号の"F"は、フジタ博士の頭文字である。

ガンダムMk-IIのムーバブルフレームの技術はΖ計画に大きな影響をもたらしたが、欠点として構造上の複雑さと機体強度の低さが挙げられた。それに対し、ムーバブルフレームの単純化による機体構造の強化や関節部の改修により、人体に近い運動性を実現した。これにはガンダリウムγをはじめとするアナハイムの材料工学部門なども総動員され、武装や装甲などは機体自体の構造からほぼ完全に独立しており、非常に稼働効率の高い機体として完成している。逆に、脚部のスラスターやバックパックなどは構造的に完璧なオプションとして設計されており、機体強度の限界までスペックが引き上げられている。これはアナハイムが有していたブロック・ビルドアップと、入手したムーバブルフレームを抜本的に融合させた結果である。そのため、ガンダムMk-IIIはバックパックやリアスカートに設置可能なサイズならば、完全にオーバースペックのユニットを装着しても対応可能なキャパシティを有している。

本機のデータを元として、ガンダムMk-IVが開発されている。