为了提高MS的泛用性，解决MS-05B扎古Ⅰ（后期生产型）的一些弊端，吉翁军对扎古Ⅰ进行了再度的改良。0077年8月，MS-06A 试作机先行量产型扎古Ⅱ诞生了。

出于基西莉亚·扎比上校的提议，技术人员对先行量产型扎古Ⅱ的肩部装甲等细部进行了改良，换装了能提供更高出力的ZAS-MI11型引擎，各部驱动系统性能也有所提高。另外还装备了新的冷却系统（腹部、脚部的外露管即是为冷却之用），强化了机体的散热性能。

该型机有着非常高的泛用性、量产性，是被授予“扎古Ⅱ”之名的杰作机。与扎古Ⅰ相比，机体的综合战斗力有了很大的提高。