《统合整备计划》被呈交，经过升任上校的马·克贝大力游说以及统帅府高层反复磋商，最终决定将吉翁公国的主力MS都纳入计划中去。其成果中，便有以代替标准型MS-06F扎古Ⅱ为目标的MS-06FZ 扎古Ⅱ改。

扎古Ⅱ改改进了驾驶舱，增强了助推器，从而获得了比扎古Ⅱ更灵活的运动性。机体头部取消了原有感测器轨道两侧的加强杆，并且收窄轨道，减少被弹率。“嘴”部散热窗不再使用百叶设计，直接使用一个喷泵提高其工作效能以及减少繁琐的安装。此外，该型机出现了一种名为B型的头部上半装甲罩，外观类似纳粹德国时期采用的钢盔，一般也称其为“弗利兹头盔”。按照需要，两型装甲罩均可以按照传统安装角型天线，成为指挥官机。

躯干胸部新设了两个散热窗，使得驱动性能也得到了提升。驾驶舱区块舍弃了旧式的T字型设计，使用类似联邦军的棱角区块，内装吉翁第二代标准型操纵系统。背包安装3个新型的火箭引擎，其单个推进力达到了惊人的24500kg。

手臂组件几乎都经过重新设计，手掌更换成统合整备计划的标准样式。这种手掌的指尖安装了合成橡胶以增加摩擦力。前臂肘部装多一层护甲，附带的4枚短刺钉，增加了格斗能力。左臂肩部球形装甲也内装两个制动喷嘴。脚部单元沿袭了MS-06F2 扎古Ⅱ后期型的设计，将侧面辅助推进引擎换装为更大功率的样式，小腿肚后方的引擎也加装了整流板。脚掌前方加装两个抓趾，提高地面适应性。

在驾驶过该型机的机师中最为人们所熟知的并不是那些王牌机师，而是“红宝石行动”中，在不知对方身份的情况下与心上人搏杀，最后英勇牺牲的巴纳德·瓦兹曼伍长。在0079年的圣诞节当天，巴纳德驾驶该型机，利用种种诡雷以及舍身攻击，最终使得联邦军最新锐的RX-78NT-1高达NT-1中破并无法交付军队。