MSM-07E E型魔蟹是MSM-07魔蟹在统合整备计划中的改良型，目的是提高机体的水下、地面两栖作战能力。番号中的“E”为“Experiment”的缩写。

相比魔蟹，E型魔蟹仿照战蟹采用了四肢伸缩机构，背部的主推进器也移到了脚部，这些改进提高了整流效果，大幅度增加了水中的移动速度。火力方面也做了调整，两腕装备的光束加农炮导入了能量CAP系统，使输出功率和连射效果都远远优于初期生产的机型。光束加农炮改进后，陆地战的火力得到了增强，因此将初期量产型头部装备的导弹换成了鱼雷，以增强水下对舰攻击能力。

改进后的E型魔蟹具体生产数量不得而知，配备到战场时已经是一年战争的末期了。目前已知在0079年12月袭击地球联邦军北极基地的独眼巨人小队中的队长修塔纳·哈迪上尉驾驶的便是该型机。