一年战争爆发后，由于MS的广泛运用，吉翁军取得了相当大的战果。在地球侵攻作战计划立案之初，吉翁军确立的是以海洋为中心的战略，这样，水陆两用型机体的开发工作就提到了议事日程上来。

相对普通的MS而言，水陆两用型MS是一类相当特殊的局地战用MS。由于必须在水中作战，使得水陆两用型机体的开发要求比陆战用MS及宇宙战用MS要高得多。开发人员最初是以MS-06J陆战型扎古Ⅱ为母体、在殖民卫星内部的人造水域内开发水陆两用型机体的，最初完成的试作型新机体被命名为MS-06M 试作型水中用扎古，后来水陆两用型MS的形式种别统一采用“MSM”时，番号又改为MSM-01。

虽然机体的名字依然是“扎古”，但该机实际上与普通扎古在外观上已有很大的区别：

首先是包括胸口、前臂以及双肩部刺钉装甲的形状，使其变得流线型而更加适合水中的环境。这一种装甲流线形设计概念影响着以后的吉翁军水中用MS系列的发展。机体的头部后勺三向分布的动力管与散热管，裸露的嘴部与额头散热系统，可以降低机体的热辐射。头部还有新增设的两门60mm火神炮与一个低频天线组件。

原本MS-06F扎古Ⅱ的背包单元被更换成两个大型的涡喷引擎，并对各关节做了防水处理，在两腕处还追加了辅助推进器；大腿后部、胫内侧、胫后部设置了压舱水箱，胫后部还设置了吸排水口，以此增加其在水中的机动性能。加上水的浮力作用使得宇宙用MS的OS稍加修改即可适应新造机的水中AMBAC机动。