MS-06E 强行侦察型扎古Ⅱ原本是以MS-06C初期量产型扎古Ⅱ为基础而开发的侦察机。但在进行量产时，吉翁军的主力MS已由C型机改为MS-06F扎古Ⅱ，因此该型机主要是在F型机的生产线上生产的。

由于大幅度削减了不必要的装备，使该型扎古的燃料搭载最大限度增加了10%，另外还采用了新型的发动机，使机体的推力大幅度上升，原先装备在机体右肩的盾牌以及左肩的装甲都被取消了，而代之摄像机各一架，大腿间也加设了一架摄像机，机体内部还装有其他的探测系统。此外，机体的胸部装备了紧急脱离用火箭推进器。

强行侦察型扎古Ⅱ没有装备实战所使用的武器，但可以选装CE-16TX型摄像枪。大战中期以后，该型机的涂装渐由绿色改为低视度的浓灰色，更方便进行侦察工作。虽然投入战场的时间比较早，但由于造价相当高，只生产了100架左右。由于性能优良，一年战争后被联邦军接收并配备给了泰坦斯，用于情报收集工作。