MS-06FS 扎古Ⅱ是对MS-06F扎古Ⅱ进行简单地改修后得到的机体。机体强化的主要方向是机体的机动性；另外，技术人员在机体的头部追加了角状天线，使机体的通信能力远优于一般的扎古Ⅱ，并追加了4门头部30mm火神炮。该型机的数量非常少，主要是在MS-06S指挥官用型扎古Ⅱ出场前配给了中队长级别以上的指挥官使用，如贾比·哈萨德中校、埃里克·曼斯菲尔德、卡尔马·扎比、松永真等都驾驶过该型机，其中卡尔马驾驶的该型机还在U.C.0090年纪念一年战争结束十周年的展览上，被作为展品在纽约被展出。