『機動戦士ガンダムΖΖ』に登場。ハマーンの原型機から数えて、エルピー・プルが搭乗する濃紺の2号機と、プルツーが搭乗する赤い3号機がある。

ハマーン・カーンが搭乗した機体とは兵装や細部に若干の違いがあるのみで、大きな性能差はないが、量産化を視野に入れたデチューンとアップデートが施されている。

オリジナルのキュベレイは同時代でトップクラスの戦闘能力を示したMSであったが、ハマーンにしか完全には乗りこなせない機体であったため、総司令官である彼女が最前線に出撃することが必須になってしまうという問題も抱えていた。キュベレイMk-2はキュベレイの量産化を指標とした機体であり、パイロットであるプルのNT能力を査定するために開発とされたともされている。また、インターフェイスはキュベレイから改良されており、ヘッドセット型サイコミュ・コントローラーによる遠隔操作機能が追加されている。

また、亡命してきたオーガスタ研究所のローレン・ナカモトやジュピトリス工廠の従事者を招き、サイコミュシステムのアップデートや最新型のリニアシートを実装している。

3号機は小惑星キケロからコア3に侵入し、グレミー・トトの命によるハマーン暗殺を実行に移すも、親衛隊のゲーマルクおよびガズアル、ガズエルの抵抗にあい失敗に終わる（これがグレミーによるネオ・ジオン内乱の意思表示となる）。コア3から宇宙に出た際にΖΖガンダムとも交戦するが、ネェル・アーガマから発射されたハイパー・メガ粒子砲の砲撃に巻き込まれ大破する。機体は失われるが、プルツーはイジェクション・ポッドにより脱出する。