2番艦。本来はMAの運用艦であったが、M1アストレイの開発に伴い改修が加えられ、10機程度のMSを搭載可能となっている。船体塗装は白基調に青のライン。艦名のクサナギは、日本神話に登場する三種の神器のひとつ「草薙剣」に由来する。

『SEED』では、オーブ解放作戦において、オーブ軍の残存戦力を収容し、アークエンジェルと共に宇宙へ脱出する。その際、艦長はレドニル・キサカが務める。エターナルと同様に艦長の上に司令官を置く艦で、カガリが司令官を務める。メンデルで、エターナルと合流後は三隻同盟の一翼を担い、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦を停戦協定締結まで戦い抜く。エターナルと共にジェネシスに猛攻を仕掛け、ローエングリン（陽電子砲）を発射するがPS装甲で弾かれてしまった。

『DESTINY』では、月面都市コペルニクスの宇宙港において、同級艦数隻と共に係留されていた。レクイエム攻防戦にてソガ一佐が艦長を務め、アマギ一尉が管制官シートを担当した。アークエンジェルを旗艦とするオーブ軍第2宇宙艦隊の副旗艦として戦闘に参加。最終決戦であるメサイア攻防戦を戦い抜き、無事に停戦を迎える。

スサノヲとツクヨミとともに3隻でレクイエムに猛攻を仕掛け、ローエングリン（陽電子砲）を発射するがシールドで弾かれてしまう。その後、アークエンジェルと共にネオ・ジェネシスの発射を受けるが、イズモ級は全て回避している。