メカニック・デザイン企画『Ζ-MSV』で設定された。初出は雑誌『B-CLUB』第3号（表紙イラストとラフのみ）で、第4号で詳細な設定が掲載された。デザインは藤田一己。

時代の推移に併せて現行のMSを強化するという、エゥーゴの新たなMS開発計画のひとつ。百式はその名称が示すとおり数十年は現役に耐えうるMSであり、再設計は比較的容易であったという。軽量化と推力増強に主眼が置かれ、腕部装甲を大幅に省略しているが、プロペラントを増量したために全備重量はむしろ増えている。しかし、Ζガンダムのロングテール・バーニア・スタビライザーを発展させた増加モーメント型高移動バーニア・スタビライザー（高機動デバイス）を2基装備したバックパックを採用しており、運動性・機動性の向上が見込まれている。また、バックパックには後方警戒用センサーが内蔵され、センサー機能を拡大している。フレームには量産向けの改良がほどこされ、脚部アクチュエーターのサスペンション機構も改修されている。

頭部のバルカン砲に代わってパルス・レーザー砲が採用されており、後部にそのユニットが配置されているため後頭部が後方に延伸されているのが特徴である。また、同時開発中の各種兵装に併せて、両肩上面にハードポイントが設けられている。前腕部にはΖガンダム同様、多目的ランチャー・ユニット（おもにグレネード・ランチャーとして使用）を装備。ビーム・ライフルおよびビーム・サーベルは百式と同じものを使用する。塗装は百式同様金色を基調とし、両肩には「百改」の漢字（「改」はやや小さい）が記されている。

『B-CLUB』第3号に掲載された表紙イラストのラフでは、左肩の兵装は「ビームガンポッド」、右肩の兵装は「ガトリングガンポッド」、携行兵装は「メガランチャー」とそれぞれ名称が補足されている。また、アイセンサーの下部にペイントによるダミーアイが描写されている。これらは『B-CLUB』第4号の設定解説には記載されていないが、小林とおるによる作例では両肩の兵装とダミーアイが再現されている。

『スーパーロボット大戦』シリーズや『SDガンダム GGENERATION』シリーズ（初期）といったゲームでは、百式と同様にメガ・バズーカ・ランチャーが武装の選択肢に含まれている場合がある。また、ゲーム『SDガンダム GGENERATION』シリーズでは、前述のビームガンポッドをパルス・レーザー砲として扱っている。