MSJ-06Ⅱ-ET 铁人式·宇宙指挥官专用型是MSJ-06Ⅱ-E铁人式·宇宙型的指挥官专用型，除了增加了强化通讯用的天线外，还将原本宇宙型去除了的肩部盾牌重新加上。

人革联每一种不同适用环境的铁人式都存在指挥官专用型，铁人式·宇宙指挥官型整体与铁人式·宇宙型并无差异，但针对通讯和资讯收集能力进行强化。外观上肩部和头部造型与一般型不同，头部比起通常型来说更为方正，并在中央追加了感测器以强化资讯收集能力。肩部由通常型的推进器变更为可动式装甲，在装甲上还追加了感测器和通讯用的天线，与其说是强化防御力，倒不如说是为了增强作为指挥官用机的性能。人革联的MS部队通常由10机组成，1架指挥官型，其余的标准型以3机为一组分为3组行动，此种编队适用于人革联地球与宇宙中的MS部队。

主武装为200mm×25口径滑膛炮，安装在前臂，可以使用各种类型的弹药来对应多种战况，两个由超硬碳材料制成的散热片连接在枪管上实现散热，亦可作为刀刃使用。在左胸部设有30mm机枪的实弹射击武装，口径小威力低，射速高，适合对付微小目标、防空与牵制敌人行动。左胸下方亦可选用安装碳网发射器，发射后分开成以E碳制的网状，以四个火箭推进来固定捕获敌方MS，具有很高的韧性。前臂上部可选配四管装的凝胶发射器，可发射由火箭推进的胶囊，接近地方目标后发射凝胶，凝胶在接触目标瞬间会立刻固化，通常瞄准目标关节、活动部件和推进部位来限制目标活动。