ZGMF-X31S 深渊高达是扎夫特军次期开发的五架MS之一，番号中的“3”表示水中战系，“1”则表示开发代号。其头部刻有“X-31S ONE”，其中“ONE”反映了机体的开发代号。

和ZGMF-X23S救世主高达、ZGMF-X24S混沌高达、ZGMF-X56S脉冲高达、ZGMF-X88S盖亚高达一样，深渊高达采用了可变式结构、可变式相转移装甲以及氘核光束送电系统。在五机中，深渊高达的定位为水陆两栖作战用MS，在保持较高的宇宙及大气圈内作战能力的前提下，着重强化了机体的水下作战能力。

深渊高达在陆地和宇宙环境为MS形态，而在水下环境则可以切换为特有的MA形态，机体的两肩部为大型曲面装甲，能够最大限度抵抗水流的冲击，同时脚部和腰部上配备的喷射水流推进器令机体在水下保有高机动性能和优秀的高速巡航能力，让该机获得了完全凌驾于以往量产型水陆两用机的性能。

武装方面，机体头部装设有一门MMI-GAU1717型12.5毫米自动火神炮系统，胸部也装设有两门MMI-GAU25A型20毫米自动火神炮系统。胸部中央则装设一门MGX-2235型“烈火”复相光束炮作为主要武装，但仅能在MS形态使用。机体背部是一门M107型“鲸鱼·改”二联装光束加农炮，改良自ZGMF-X10A 自由高达的M100型“鲸鱼”等离子集束光束炮，威力更大，射程更远，在MS和MA形态下均可使用，但无法在水下发射。

机体肩部装甲部尖端各装设一组M68型二联装实弹炮，同样在MS形态和MA形态下均可使用，并且在水下亦可使用。而在肩甲内侧装备有两组MA-X223E型三联装光束炮，攻击范围广、可用于攻击多个目标，但是在MA形态下无法使用。此外，肩甲上还装备有四枚MMI-TT101型Mk9高速制导鱼雷，主要用于MA形态时于水下攻击用，但是MS形态下也可发射。

此外，深渊高达还配备了一柄MX-RQB516型光束长枪作为格斗武装，由实体部分和光束部分组成，实体部分还带有传统长枪的所有构造，包括枪刃和枪身，而在枪刃上还可产生光束刃增加攻击破坏性。

该机的测试机师为马列·斯特劳，之后晋升为深渊高达的正式机师。但在晋升的第二天，深渊高达便于军械库一号遭地球联合军幻痛部队抢夺，马列本人也在抢夺事件中中枪负伤。

而地球联合抢夺了该机后，改番号为RGX-02，交由生体兵器奥尔·尼达驾驶，与扎夫特军多次交火，带给LHM-BB01密涅瓦号诸多麻烦。最后在克里特岛海战中，遭ZGMF-X56S脉冲高达击毁。