指揮官用に配備されるザクウォーリアの上位機種。頭部には追加されたブレードアンテナによってC41SR（通信、指揮統制、情報処理）能力が強化されている。また、内部の通信機能等も異なり、両肩部にシールドを取り付けた機体が標準的な構成となる。ただし、外伝作品には肩部の装備構成をザクウォーリアと同様のものにしたザクファントムも見られる。

なお、コンピレーション・アルバム『機動戦士ガンダムSEED DESTINY COMPLETE BEST』の初回限定盤CD+DVDケース上には、肩部のプロテクター一式が左右逆に付けられたガナーザクファントムが描かれている。ファントムとは英語で「幽霊、亡霊、幻影」の意味。

ザクウォーリアと同様にC.E.73年では配備が開始されたばかりの機体で、一部のザフトレッド（赤服）や白服の指揮官級、またはFAITH（特務隊）といった非凡なパイロットが優先的に搭乗している。

レイ・ザ・バレル機は奪取されたセカンドステージシリーズやネオ・ロアノークのエグザスと渡り合った。イザーク・ジュール機はディアッカやアスランとの連携によってセカンドステージシリーズを圧倒する活躍を見せた。また、ハイネ・ヴェステンフルス機は開戦時のプラント防衛戦で奮戦し活躍した。