MS-06R-2 高机动型扎古Ⅱ是在MS-06R-1A高机动型扎古ⅡA型的基础上强化了脚部装甲，驾驶舱内部管理方式也进行了变更，机体变得更轻，推进剂的储量也得到了增加。

由于在次世代主力机的竞争时输给了MS-09R加大魔，因此只生产了4架后计划就终止了。毕竟扎古型机体的性能已达到了极限，核熔炉的限制决定了该型机根本无法使用光束武器，因此该型机的失败并不出人意料。但该型机的推进剂槽等相关问题、推进器的装甲防御等设计构想为以后MS-14S指挥官用型勇士的设计提供了参考。

而已经制造出来的四机，其中三台分别被分配给了乔尼·莱登、贾比·哈萨德和罗伯特·基里亚姆。第四台则由艾略特·雷姆试驾，最终发展成MS-06R-3S高机动型扎古Ⅱ。但在游戏《吉翁的精神》中，第四台则由库尔特·罗斯韦尔驾驶。