パトリック・ザラの指示のもと、国力・物量に劣るザフト軍が奪取したG兵器のデータを注ぎ込み、統合3局によって開発された試作型MS。ザフトにおけるイージスの後継機として作られた機体であり、兄弟機である「ZGMF-X10A」と共にC.E.71年4月1日にロールアウト。「ナチュラルに正義の鉄槌を下し、コーディネイターの真の自由を勝ち取る」旗印となるべく、ZGMF-X09Aは「ジャスティス」、ZGMF-X10Aは「フリーダム」と命名された。

地球連合のGAT-Xシリーズおよび予想されるそれらの量産化を考慮した場合、連合軍の物量でザフトのMSの優位性が覆される事は大きな懸念材料であった。そのため、ザフトと連合の技術を融合した機体としてジャスティスは開発された。基本構造はゲイツをベースとし（ただし外観の特徴はシグーやディンに近い）、その運動性能や情報収集能力を引き継ぎつつGAT-Xシリーズの技術も導入した機体となった。さらには単機で多数の敵MSを圧倒する戦闘力を示しうる対連合の切り札となるべく、Nジャマーの効果を打ち消す「ニュートロンジャマーキャンセラー」を搭載した核エンジンを動力とした事で無限に近いエネルギーを獲得。

ジャスティス最大の特徴は、後述の「ファトゥム-00」にある。外付けのフライトユニットを背部に接続し機動性を向上させるアイデア自体は連合のストライクで実用化されたものだが、ジャスティスではこれをさらに推し進め、ファトゥムを遠隔操作可能としこれを活用した合体・分離戦法により別の無人機（僚機）と連携するかのような多重攻撃に用いることも可能としている。多数の固定火器により高い砲撃力を有するフリーダムと比較すると単純な総合火力では一歩及ばないものの、その高い機動性と攻撃能力からC.E.71年においてトップクラスの機体として君臨した。エターナルに属してからは識別番号「102」を使用した。

アニメ『機動戦士ガンダムSEED』ではキラ・ヤマトによって奪取されたフリーダムの奪還、及び接触したと思われる人物・施設の排除の為にアスラン・ザラに与えられたが、オーブ攻防戦においてアスランはこの機体を以ってアークエンジェルに加勢、以後はアークエンジェル側の戦力として運用され、新型GATシリーズに苦戦するフリーダムを援護し危機を救った。

その後アークエンジェルは、ラクス・クラインらが奪取したエターナルと合流し、同時に本機はフリーダムとともに原子炉整備環境を有する専用運用艦エターナルの艦載機となった。

第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の最終局面ではフリーダムと連携してカラミティを撃破する活躍を見せた他、カガリ・ユラ・アスハのストライクルージュと共にジェネシス内部に突入し、本機を核爆発させる事でジェネシスを破壊した。これによってジェネシスの地球への着弾は寸前で阻止された。