OVAおよび劇場版『新機動戦記ガンダムW Endless Waltz』用にカトキハジメがリファインした機体。最大の特徴はドラゴンハングの形状やギミックの変更。機体色はテレビ版アルトロンよりも彩度を落とした地味目のカラーに変更。ビームキャノンやランダムバインダー、シールド、脛部スラスターはすべて省略され、シンプルなデザインにまとめられている。これはプラモデル化（後述）を考え、デザインされたためである。テレビシリーズとデザインが異なるが、設定上は同一の機体である。OVA公開当時に発売されたプラモデルなどの商標名や関連ゲームにおける名称は、テレビ版と区別できるように「アルトロンガンダムカスタム」もしくは「ガンダムナタク」と呼称されていたが、リデザインされた同一機ではなく改良機と誤解を招くことから、徐々に「アルトロンガンダム（EW版）」という名称表記へと移行していった。『敗栄』では、映像版では省略されたランダムバインダーとビームキャノンが同時に装備しているバックパック「フーティエ（胡蝶）」として復活した。

この機体のプラモデルでは「ガンダムナタク」というネーミングをされているが、設定資料によってはほかのガンダムと同様「アルトロンガンダムカスタム」とも呼ばれる。劇中ではそれまでと同様、ナタクと呼称されている。また1/100スケールにてプラモデル化の際シェンロンガンダムより流用されたパーツが多く、EW1/100シリーズでは唯一完全新規ではないため設定および同シリーズ他ラインナップと比較し太めのプロポーションとなっている。

なお、ゲーム『SDガンダム GGENERATION』シリーズでは、ほかの機体がエンドレスワルツ版の表記に改められた現在もなお、「ガンダムナタク」の名称でほぼ統一されている。一方、『スーパーロボット大戦』シリーズでは、『第2次スーパーロボット大戦α』までは「アルトロンガンダムカスタム/アルトロンカスタム」か「ガンダムナタク」でまちまちだったが、『第3次スーパーロボット大戦α』以降は「アルトロンガンダム」でほぼ統一されている。