本機の型式番号はXM-X3であるがX1、X2同様偽装である。機体色は白と青。パイロットは主人公トビア・アロナクス。

本機は他の機体と比較して構造的な違いはほとんどないが、武装面でいくつかの新技術が取り入れられており、実験機としての特徴が色濃くなっている機体である。X1、X2との主な相違点は以下の通り。

また『ゴースト』連載以前はF97の3番機とされてきたが、『ゴースト』でのX-0の設定から本来の3号機ではなく、実験用の予備機だったことが判明した。X-0が行方不明になったことで繰り上がり、3号機として扱われることとなったのである。

本機は劇中中盤に新たに補充された機体。受け渡しの際にトビアが乗り込むこととなってしまい、そのまま出撃。エレゴレラとの戦闘で小破した。

成り行きで実力不相応の機体を駆る事になったトビアだが、それが却って彼のニュータイプ能力の成長を促進する事となり、地球上では「死の旋風隊」の襲撃を受けるも2機を撃破、木星帝国との最終決戦でもカラスのノーティラスやクラックス・ドゥガチの最終MAディビニダドを撃破するなどの活躍をしている。

ドゥガチとの決戦の際は両手のIフィールドを最大出力で展開。大型メガ粒子砲を押さえ込んだまま、トビアはコア・ファイターで脱出し、本機は失われている。X3用の予備パーツはサナリィに残存していたために、後にX1改・改の修理用パーツとして利用された。