RX-0独角兽敢达装备有带着“拉普拉斯程式”的特殊系统优化系统和NT-D系统，拥有独角兽模式和毁灭模式，但在于罗森・祖鲁的战斗中，巴纳吉感受到了玛丽达的思念体，从而使独角兽敢达觉醒。觉醒后的独角兽敢达，机体限制解除，行动时间上限无效化以及护盾会化为浮游炮。

独角兽高达的真正秘密则在于其独有的追加程序，是被叫做“拉普拉斯程序”的特殊程序。为进行空间运行试验而运往阿纳海姆电子公司所属工业七号殖民地的1号机，在毕斯特财团当主卡帝亚斯·毕斯特的主导下，在原有规格的基础上追加了拉普拉斯程序。作为标明“拉普拉斯之盒”所在地的“钥匙”。拉普拉斯程序会在一定条件下启动，提示包含“拉普拉斯之盒”线索的数据。卡帝亚斯将这一“钥匙”封印在独角兽高达内部，并曾经打算将其让渡给作为吉翁残党军活动的游击势力“带袖的”。

0096年4月7日，围绕着“拉普拉斯之盒”，地球联邦军、“带袖的”、阿纳海姆和毕斯特财团均各自在暗地里展开行动，最终导致殖民卫星工业七号爆发意想不到的战斗。混战中卡帝亚斯深受重伤，濒死之际将独角兽高达作为通往盒子的“钥匙”托付给阿纳海姆工专学生、同时是自己亲生儿子的巴纳吉·林克斯。在那时，拉普拉斯程序登录了巴纳吉的生理特征，除指纹、角膜之外，该系统还能扫描登录者的全身毛细血管并加以验证，因此除巴纳吉之外，不能通过拉普拉斯程序验证的人无法启动和驾驶独角兽高达1号机。

此外，拉普拉斯程序与NT-D系统的发动有着密切的联系。搭载了拉普拉斯程序的1号机能感知巴纳吉的NT能力，从而自行发动NT-D系统。

被卷入“拉普拉斯之争”的巴纳吉在独角兽高达的引导下，踏上了寻找“拉普拉斯之盒”真相的路途。在最后决战中，因目睹玛莉妲·库鲁斯之死，接触到了感应力场之海的存在，为了保护拟·亚加玛号以及墨瓦腊尼加上的众人，开启了最终的感应力场，与独角兽高达高度连动，通过精神感应框架，融合力场之海中众多的意识，同时使得本机的精神骨架异常增殖形成类似于结晶体的样式，使本身变成“独角兽高达”这独一无二的究极存在，挡住了来自于殖民卫星雷射的攻击，并将来袭的MS队伍全灭后，在利迪·马瑟纳斯驾驶的RX-0［N］独角兽高达2号机·报丧女妖·命运女神的跟随下，前往未知的宇宙。最后，在众人的呼唤下，巴纳吉的自我意识重新回归，驾驶着独角兽高达返回墨瓦腊尼加。