エゥーゴとアナハイム・エレクトロニクス（AE）社による共同開発計画「Ζ計画」で開発されたアナハイム・ガンダムの1機。

本機はまず非可変型MSとして設計された後に可変型MSへの転用が検討され、最終的には再び非可変型MSに差し戻されたという開発経緯を持つ。元々、アナハイム社は試作型のムーバブル・フレームを保有しており、リック・ディアス以後の機体として格闘戦用MSのフレーム設計も行っていた。その後、開発の途中でフレームを可変MSに転用する案が持ち上がる。可変MS「デルタガンダム」として設計されたこの機体は、コンピューターによるシミュレーションの段階で変形時のバインダーの耐久性と駆動部のストレス、ムーバブルフレームの強度の問題が解決できず、可変機としての開発は一度断念され、可変機構導入の失敗から通常のMSに設計が戻された[14]。機体自体のポテンシャルが高かったこともあり、その後、ガンダムMk-IIのムーバブルフレームのデータを受けて開発が再度進み、非変形型のMS百式として完成している。可変機として設計された名残として、脚部の独立二層式のデュアルフロートアーマー、バックパックにフレキシブル・バインダーが装備されており、バインダー自体が可動肢として作動することで、AMBACや大気圏の整流作用などで機体の運動性を向上させている。当初の目標であったデルタガンダムは0090年代にデルタプラスとして再設計されたうえ、設計データを流用することによって百式系列唯一の可変機として開発に成功している。

百式はクワトロが搭乗した際にはピーキーな設定が施され、その高速戦闘による実戦データが収集された。同一機体であってもクワトロ大尉が搭乗した仕様から大改修を受け第一次ネオ・ジオン抗争に投入された仕様が存在したとされている。なお、型式番号はリック・ディアス（RMS-099 / MSA-099）の次の開発ゆえに100となり、名称もそれに併せ、設計者であるナガノ開発主任によって「百年保つMS」となるような願いを込めて「百式」と命名された。「γガンダム」とも呼ばれるリック・ディアスに続いて開発コードδが与えられており、百式自体にδガンダムの名称が当てられることもある（デルタガンダムについては後述）。

『機動戦士Ζガンダム』第9話で、リック・ディアスを不慮の事故で失っていたクワトロ・バジーナ（シャア・アズナブル）大尉が新たな乗機として受領。劇中序盤で一時的に搭乗したガンダムMk-IIを除き、シャアが自身の専用機として搭乗したモビルスーツの中では唯一のガンダムタイプMSでもある。