由于试作型高机动扎古测试的成绩令人非常满意，因此R型正式的量产型——MS-06R-1 高机动型扎古Ⅱ在略经调整（增加了推进剂的最大搭载量、改良了驱动部分及电气系统的设计）后迅速投入了量产。火箭引擎出力增加引起的问题并没有得到很好的解决，所以R-1型只生产了22架，真正解决了这个问题的是R-1的改良型——MS-06R-1A型。 为了解决MS-06R-1的推进器故障频发的问题，在开发主任雷姆的强烈要求之下，MS-06R-1A采用了竞争对手兹玛德公司所开发的推进器；另外将R-1型的燃料槽改为弹筒式，又对机体的背部及脚部进行了优化处理，使整备性大为提高，强化了机体的一线作战能力。从6月开始，R-1A型共生产了56架，另有10架左右由R-1型改修而来，是R型中量产数目最多的，其出色的性能得到了很多王牌驾驶员的钟爱，甚至有“MS-06R-1A型是王牌才有资格驾驶的机体”的说法。