「未知なる型式」のうちの2番目の "Y" として開発される。建造されていたF90の3号機の素体をベースに開発されており[58]、そのため「F90サード」とも呼ばれる（F90特有の識別コードから "F90Y" とも呼ばれる）。F91と同時期に開発されたともいわれるが、その開発目的はF91で一応の到達点に達した超高性能MSを、F90と同等のテストベッドとして使用するためである。

さらに、対抗企業がフォーミュラ計画のデータを盗用しているとの情報もあるため、コア・ブロック・システムを搭載し、データの漏洩を防ぐために機体のデータ管理と管制中枢をコア・ファイターに集約する形で設計されている（パイロットの生還率向上も考慮）。また、かつて機体を強奪されたことを教訓とし、コア・ファイターそのものを機体稼働のキーとしている。コア・ファイターの後部には、MS形態時のバックパックとしても機能するブースターを装着する。コア・ブロックは背部から水平にドッキングし、キャノピーの部分がモニターに切り替わる。

バックパックの換装も含め、F90シリーズのミッションパックを装備することも容易であり、さらにハードポイントからエネルギーの供給も可能となっている。バイオコンピューターも搭載されているとする資料もあり、パイロットの技量次第では金属剥離効果 (MEPE) も可能とされる。

宇宙世紀の軍事雑誌「月刊MSジャーナル」の増刊「ダイジェスト版 第5号 冬の大サービス号」によれば、宇宙世紀0122年11月20日にサナリィ開発部の月本部においてF90IIIをマスコミに公開すると発表するが、そこで公開されたのは開発のことすら知られていなかったF91の試作1号機だったとされる。なお、本機のロールアウトは同様に高性能小型MSにコア・ブロック・システムを採用したAE社のネオガンダムと同じ0123年2月であるが、ネオガンダムのほうが先であり、遅れをとったサナリィが総力を挙げて完成させている。

『コミックボンボン』増刊の『機動戦士Vガンダム特集号』掲載の漫画「機動戦士ガンダム シルエットフォーミュラ91」（のちに『ガンダム短編集2』に再録された際に「機動戦士ガンダム シルエット・フォーミュラ フォーミュラ91の亡霊」に改題）では、ウォルフ・ライル少尉がコア・ブースターに搭乗し、クロスボーン・バンガードに制圧されて24時間後のフロンティアIに潜入。サナリィの研究施設からコア・ファイター開発に関する極秘資料が入ったメモリーチップを回収後、施設を爆破して脱出。暗礁宙域に秘匿されている機体本体（ウォルフには存在を知らされていなかった）とドッキングし、デス・ガンズを撃破、残りの追撃隊は撤退する。この戦闘で、本機はMEPEによる「分身」も披露している。