RX-99 新高达二号机是阿纳海姆电子公司根据“影子方程式计划”得到的成果制造出来的两台MS中的二号机，与RX-99新高达一号机不同，该机采用了核心操作舱系统，但并未搭载赛可缪系统，而且采用了传统高达的蓝白色作为涂装色。与一号机一样，二号机装备了高出力光束步枪——G-B.R.D作为主武器。

该机被配备于地球联邦军的战舰埃阿斯号上，导入了阿纳海姆电子公司制造的RXF-91影子高达的战斗数据，后被时雄·兰德尔少尉夺取并击破了一号机。