高达F90Ⅱ是将被火星独立吉翁军夺取并改造的高达F90二号机（即OMS-90RF90高达火星独立吉翁军式样）回收后进行再改造得到的机体，技术人员对机体失去的两足部分都进行了重新设计，换装了新型发电机，胸部的式样也进行重新设计。完成后的该机，在推力、加速度等性能上较原来的机体有了很大的飞跃。

此外，该机最独特之处在于搭载了试验性的生化电脑，取代了原先的AI系统，为此头部也进行了变更。生化电脑是一个新型的人机互动系统，在功能上类似于反向的赛可缪系统，最初是用以帮助残疾人，在结构上类似于人脑，在战斗中不仅仅可以将战场信息以数据形式、同时以感官形式传递给机师，可以令操作机师体验到机体的“感受”，从而缩短机师的反应时间，但与赛可缪系统不同的是，生化电脑施加给机师的压力要小得多。

F90Ⅱ高达作为新型生化电脑的测试平台，其实验数据最终被导入高达F91中。