MS-06A先行量产型扎古Ⅱ虽然性能出色，但武器种类的繁复制约了它的大规模量产。出于成本以及核装备的考虑，在基西莉亚·扎比上校建议下对A型机进行再度的改良，这就是MS-06C 初期量产型扎古Ⅱ。

C型机的肩部装甲在A型机的基础上又进行了改良（钉状肩甲），另外对机体所使用的反应炉和动力传送系统的性能也进行了提高。由于武器上采用了核弹头火箭筒，为了屏蔽放射线，机体还采用了多重空间装甲，大幅增加了机体的重量。

0078年1月，初期量产型扎古Ⅱ正式开始量产，前后总计生产了236架，在一年战争初期的一周战争、鲁姆会战中大出风头，取得了压倒性的战果，是一年战争开战时吉翁军的主力机体。在南极条约签定后，核武器被禁止使用，从此以后，C型机拆除了防核装置，不再生产。

0079年1月31日，吉翁与联邦签订了《南极条约》，条约明文禁止了核生化兵器的使用，因此去除了核装备、由MS-06C初期量产型扎古Ⅱ改良而来的MS-06F扎古Ⅱ就成为吉翁军的主力MS。

狭义上所称的“扎古”，就是指这款F型扎古Ⅱ。该型机在一年战争时期总计生产了3000架以上，是吉翁军各型MS里量产数目最多的，对以后的MS开发也产生了非常深远的影响，夏亚·阿兹纳布尔、乔尼·莱登等王牌机师均是驾驶该型机而成名的。其中，夏亚·阿兹纳布尔少佐更是以自己红色涂装的扎古Ⅱ一机一举击沉了五艘联邦军战舰——包括四艘萨拉米斯级巡洋舰、一艘麦哲伦级战列舰，自此其“赤色彗星”的称呼不胫而走。

MS-06C扎古II在《高达世纪》和MSV中首次被提及。没有提供它的图像，但由于据说在《南极条约》签署之前，它是吉翁的主要MS，因此在最初系列的殖民地降落期间展示的扎古可能是C型。

后续的作品都将MS-06C描述为与MS-06F在视觉上完全相同。